Ծնվել է Նախիջևանի Շոռոթ գյուղում: Եղել է նկարիչ, բանաստեղծ Նաղաշ Հովնաթանի որդին, գեղանկարիչ Հարություն Հովնաթանյանի եղբայրը: 1710-ական թվականներին տեղափոխվել է Թիֆլիս: Հոր մահվան առթիվ գրել է «Ողբերգութիւն յաղագս մահուան գեղեցկարուեստ վարպետ Յովնաթանի Նաղաշ...» ողբը: Երևանի Մ.Մաշտոցի անվան Մատենադարանում պահվում են նրա 35 բանաստեղծությունները՝ մեծ մասամբ գրված սիրո մոտիվներով: Նրա գործերից 21-ը տպագրվել է Նաղաշ Հովնաթանի «Բանաստեղծություններ» (1951թ.) ժողովածուում: Դրանք բովանդակությամբ նման են հոր երգերին: Ուշագրավ է Ողբը, որը նույնպես գրված է հոր՝ վերջերս հայտնաբերված «Ողբերգութիւն յաղագս մահուան Մահդասի Շահբազին Արզրումցւոյ...» խորագրով ողբի հետնությամբ: Ստեղծագործել է հայերեն, թուրքերեն, վրացերեն: Սակայն ավելի հայտնի է իբրև նկարիչ: Իր կրտսեր եղբոր՝ Հարությունի հետ ծաղկանկարել, նկարազարդել է վանքեր ու եկեղեցիներ, ծաղկազարդել ձեռագրեր: Նրա նկարիչ լինելու բազմաթիվ փաստեր կան գրավոր աղբյուրներում: Այդ հաստատում են նաև նրա մի շարք բանաստեղծություններ («Մեկ օր ինձ մոտ արի պատկերիդ նման քաշեմ», «Խելքն տարար Յակոբ պատկերահանին» և այլն): Գրավոր աղբյուրներում հիշատակվում է մինչև 1740թ., երբ եղբոր հետ նկարազարդել է Երնջակի Սբ. Կարապետի վանքը: Նկարազարդել է «Քաղուածք Յավետարանաց»-ը (1720թ., Երևանի Մ.Մաշտոցի անվան Մատենադարան): Հեղինակել է հաստոցային նկարներ («Սանդուխտ կույսը», 1727թ., «Թադևոս առաքյալը», «Ղազարոսի հարությունը», երկուսն էլ՝ 1729թ., «Աստվածամոր յոթ վերքը», 1729թ., բոլորը՝ Հայաստանի ազգային պատկերասրահ, Երևան): Մեծ ուշադրություն է դարձրել մարմնաձևերի կերպավորմանը և մանրամասների նյութական վերարտադրմանը: Մահացել է Թիֆլիսում:
Հովնաթանյան նկարիչների տոհմը (Նաղաշ Հովնաթան, Հակոբ Հովնաթանյան, Հովնաթան Հովնաթանյան, Հարություն Հովնաթանյան, Մկրտում Հովնաթանյան, Հակոբ Հովնաթանյան, Աղաթոն Հովնաթանյան) նոր աստիճանի է բարձրացրել հայ կերպարվեստը: Խարսխված լինելով հայկական միջնադարյան արվեստի վրա, յուրացնելով հարևան ժողովուրդների մշակույթներից իրենց գեղարվեստական ընկալումներին հոգեհարազատ տարրեր, դրանք զուգակցելով նոր ժամանակների հայ արվեստի պահանջներին՝ Հովնաթանյանները կարողացել են սկզբնավորել հայկական գեղանկարչության մի շարք ժանրեր, ստեղծել արտահայտչականության գաղափարագեղարվեստական որոշակի կանոններ, որոնք օրինակելի են դարձել ժամանակի կովկասյան գեղանկարչության համար: