Ծնվել է Հայաստանի Շահրիար (այժմ՝ ՀՀ Արմավիրի մարզի Նալբանդյան) գյուղում: Եղել է ռուսական բանակի հրետանու գեներալ-մայոր Գևորգ Շահխաթունյանի եղբայրը։ Նրանց հայրը՝ Հովհան Շահխաթունյանցը, որը ժամանակակիցներին հայտնի էր Օհան սուլթան անունով, ազնվական ծագում ուներ և աչքի է ընկել զգալի կարողությամբ: Սովորել է Էջմիածնում՝ վանեցի Մկրտիչ վարժապետի մոտ, ապա Եփրեմ Ա Ձորագեղցին նրան ուղարկել է Կոստանդնուպոլիս, Սբ. Էջմիածնի նվիրակ Աստվածատուր եպիսկոպոսի մոտ՝ որպես սպասավոր: «Արժանավոր վարժապետներից» սովորել է հունարեն և թուրքերեն: 1826թ. Աստվածատուր եպիսկոպոսի կողմից ձեռնադրել է կուսակրոն քահանա: 1830թ. Եփրեմ Ա Ձորագեղցու հրամանով նշանակվել է Սբ. Էջմիածնի Բարձրագույն խորհրդարանի ատենադպրի օգնական, 1832թ.՝ Բարձրագույն խորհրդարանի անդամ և մատենադարանի վարիչ: Հովհաննես Ը Կարբեցի կաթողիկոսի դեմ ծայր առած հուզումների պատճառով 1833թ. հրաժարվել է այդ պաշտոններից, հանդես եկել կաթողիկոսի գործելակերպի դեմ բողոքող ութ եպիսկոպոսների և վարդապետների խմբում: Սակայն Գրիգոր Արդվինցու և Ստեփանոս Արարատյանցի հետ բաժանվել է բողոքողներից ու կրկին անդամակցել խորհրդարանին: 1834-35թթ եղել է Երևանի վիճակի (թեմի) առաջնորդական փոխանորդ: «Պոլոժենիե»-ի (1836թ.) ընդունումից հետո մինչև մահ եղել է Հայ եկեղեցու նոր կանոնադրությամբ ստեղծված Սինոդի անդամ, միաժամանակ վարել տարբեր պաշտոններ՝ Մայր աթոռի տպարանի կառավարիչ, ժառանգավորաց դպրոցի ուսուցիչ ու վերատեսուչ, վանական կառավարության անդամ: 1841թ. ձեռնադրվել է եպիսկոպոս: Սինոդի հանձնարարությամբ կազմել է Սբ. Էջմիածնի գրատան ձեռագրացուցակը (312 անուն), որը հայագետ ակադեմիկոս Մ.Բրոսսեն թարգմանել և 1840թ. հրատարակել է ֆրանսերեն ու ռուսերեն: Գրել է Դավիթ-Դանիելյան անցքերի պատմությունը, «Ստորագրութիւն կաթուղիկէ Էջմիածնի եւ հինգ գաւառացն Արարատայ» (հ.1-2, 1842թ.) աշխատությունը, որը փաստական նյութեր է պարունակում քաղաքամայր Վաղարշապատի սրբավայրերի ու հուշարձանների, Այրարատի հինգ գավառների վերաբերյալ: «Պատմութիւն գետնաշարժին ի 1840 ամի» ձեռագիր երկում նկարագրել է Այրարատի 1840թ. երկրաշարժը և Ակոռի գյուղի ու Սբ. Հակոբ վանքի կործանումը: Իբրև գիտնական հայտնի է եղել նաև օտարներին: 1843թ. նշանակվել է Վրաստանի հայոց թեմի նվիրակ և մեկնել Թիֆլիս: 1844թ. Ստեփանոս Նազարյանցիմիջնորդությամբ ընտրվել է Կազանի համալսարանի թղթակից անդամ: Մշտական հարաբերություններ և նամակագրական կապեր է ունեցել Խաչատուր Աբովյանի, Ստեփանոս Նազարյանցի, Գաբրիել Պատկանյանի և այլ առաջադեմ գործիչների հետ: Մսեր Մսերյանի, Խաչատուր Աբովյանի, Մ.Սալլանթյանի հետ ցանկացել է Սևանա կղզում գիտական միաբանություն ստեղծել, բայց այդ մտահղացումը չի իրականացել: Ներսես Ե Աշտարակեցին մեծ հարգանքով ու հավատով է վերաբերվել նրան: Մահացել է Շահրիար գյուղում: