Ծնվել է Նախիջևանի Աստապատ գյուղում: 1876-85թթ սովորել է Էջմիածնի Գևորգյան ճեմարանում, 1893-98թթ՝ Ենայի, Լայպցիգի, Բեռլինի, Փարիզի համալսարաններում, մասնագիտացել գրականության և բանասիրության մեջ։ «Հայ ժողովրդական հավատալիքը» (գերմաներեն) դիսերտացիոն աշխատության համար 1898թ. Ենայի համալսարանում ստացել է փիլիսոփայության դոկտորի աստիճան։ 1885-87թթ և 1898-1914թթ դասավանդել է Էջմիածնի Գևորգյան ճեմարանում, 1887-89թթ՝ Շուշիի թեմական, 1889-93թթ՝ Թիֆլիսի Հովնանյան, 1914-19թթ՝ Ներսիսյան դպրոցներում ու հայկական պետական գիմնազիայում։ Աշխատակցել է հայ պարբերական մամուլին («Նոր դար», «Մուրճ», «Արարատ», «Ազգագրական հանդես», «Նորք» և այլն)։ Եղել է Երևանի պետական համալսարանի հիմնադիր-դասախոսներից, 1923-25թթ՝ պատմագրական ֆակուլտետի դեկանը, ամբիոնի վարիչը (1926թ-ից` պրոֆեսոր)։ 1925-30թթ գլխավորել է Հայաստանի գիտահետազոտական առաջին հաստատությունը՝ Գիտության և արվեստի ինստիտուտը։ Այնուհետև աշխատել է Երևանի պետական համալսարանում և Հայաստանի գիտահետազոտական հիմնարկներում։ Հետազոտել է հայ ժողովրդական բանահյուսությունը, գրականությունը, ժամանակակից հայոց լեզուն, ուսումնասիրել և համակարգել է պատմավիպական ու քնարական ժանրի ժողովրդական ստեղծագործությունները, մշակել դրանց գոյացման և պատմատիպաբանական զարգացման տեսությունները։ Հայտնաբերել է «Սասնա ծռեր»-ի երկրորդ տարբերակը։ 1889թ. Շուշիում հրատարակել է «Դավիթ և Մհեր» ժողովրդական վեպի մոկաց պատումը՝ գրի առած 1886թ., Էջմիածնում, Գևորգյան ճեմարանի դռնապան Նախո քեռուց։ Հետազոտել է «Սասնա ծռեր»-ի ժանրային-գեղարվեստական հատկանիշները, բացահայտել նրա պատմական ատաղձն ու վիպական-առասպելական շերտերը, ապացուցել նրա համաժողովրդական-աշխատավորական բնույթը։ Ստեղծագործաբար յուրացնելով նախորդ հայագետների (Մ.Էմին, Ղ.Ալիշան,Հ.Գելցեր) փորձը՝ պատմահամեմատական եղանակով, նորովի ուսումնասիրել է հայերի հին ու նոր հավատալիքները, առասպելական զրույցները, գնահատել դրանց մշակութային և պատմական արժեքը։ Հայ պատմիչների (Մովսես Խորենացի, Ագաթանգեղոս, Փավստոս Բուզանդ, Սեբեոս) երկերում պահպանված վիպական հատվածների բանասիրական քննությամբ ապացուցել է հնում ժողովրդական այլ վեպերի («Վիպասանք», «Պարսից պատերազմ», «Տարոնի պատերազմ») գոյությունը։ Հայ վիպական բանահյուսության զարգացումը բաժանել է ժանրային-թեմատիկ ժամանակագրական հինգ շրջանի՝ ա. նախնական հմայքներ և առասպելներ, բ. առասպելական վեպ (վիպասանք)՝ անցում առասպելից ժողովրդական վեպին, գ. «Պարսից պատերազմ», դ. «Տարոնի պատերազմ», ե. «Սասնա ծռեր» ու վիպական երգեր։ Ուսումնասիրել է հայ քնարական բանահյուսությունը, մասնավորապես՝ միջնադարյան հայրենները և նոր ժամանակների երգ-խաղիկները, բացահայտել դրանց առնչությունները։ Ցույց է տվել ժողովրդական երգերի հին ակունքները, նրանց զարգացումն ու գոյատևումը։ Հերքել է հայրենները Նահապետ Քուչակին վերագրելու տեսակետը, ապացուցելով, որ դրանք հին և անհայտ գուսանների՝ միջնադարում ժողովրդականացած ու տարածված երգեր են։ Իր բազմամյա ուսումնասիրությունների արդյունքները նա ամփոփել է կյանքի վերջին շրջանում գրած «Հայոց հին գրականության պատմություն» (հ.1-2, 1944-46թթ) աշխատության մեջ՝ հայ գեղարվեստական մտքի ծագման ու զարգացման ընթացքը կապելով ժողովրդի պատմաքաղաքական և սոցիալ-տնտեսական կյանքի հետ։ Հայ գրական-գեղարվեստական մտքի զարգացումը բաժանել է չորս շրջանի, առաջինը նախնական առասպելապատմական բանահյուսությունն է, երկրորդը՝ 5-10-րդ դարերի հայ դպրությունը՝ կրոնաեկեղեցական և ժողովրդական վիպաբանահյուսական բաղադրիչներով, որի ընդերքում նա հայտնաբերել է պարսկա-արաբական և բյուգանդական բռնությունների դեմ պայքարի և մաքառման ուժեղ ձգտում։ Այդ շրջանի գրականությունը անվանել է «եկեղեցա-քաղաքական մաքառման գրականություն»։ Երրորդ շրջանի՝ 11-17-րդ դարերի գրականության մեջ նոր աշխարհայացքի հետ մեկտեղ երևան են եկել նոր ժանրեր, կրոնա-ճգնավորական մտայնությունն աստիճանաբար տեղի է տվել ազատ մտածողությանն ու կենսասիրությանը՝ առաջացնելով նոր արտահայտչաձևեր։ Գրիգոր Նարեկացու, Ներսես Շնորհալու, Հովհաննես Սարկավագի, Մխիթար Գոշի, Վարդան Այգեկցու, Ֆրիկի, Կոստանդին և Հովհաննես Երզնկացիների ստեղծագործությունների վերլուծությամբ բնութագրել է գրական մի խոշոր պատմաշրջան՝ անվանելով Վերածննդի գրականություն։ Նա հիմնադիրն է հայկական ուրույն վերածննդի տեսության, որը մաքառման գրականության տեսության հետ կարևոր ներդրում է հայագիտության մեջ։ Ըստ գրականագետի, հայ գրականության 4-րդ շրջանը ընդգրկում է նոր աշխարհիկ գրականությունը։ «Հայոց լեզվի տաղաչափության» (1933թ.) մեջ մշակել է տաղաչափական տարրերի և հիմունքների մի ամբողջական տեսություն, համակարգել հայ բանաստեղծության տաղաչափական տիպերն ու ձևերը, պատմական փոփոխություններն ու զարգացումը։ Հայերենի տաղաչափությունը վանկական համարելու ավանդական ըմբռնումներին հակառակ, ապացուցել է հայ տաղաչափության շեշտական բնույթը։ Ս.Մալխասյանցի, Գ.Տեր-Մկրտչյանի և Ս.Կանայանի հետ եղել է հայ քննական-բաղդատական տեքստաբանության հիմնադիրը։ Հրատարակել է բաղդատական բնագրեր (Մովսես Խորենացի, «Հայոց պատմություն», 1913թ., Ս.Հարությունյանի աշխատակցությամբ, և Կորյուն, «Վարք Մաշտոցի», 1941թ., աշխարհաբար թարգմանությամբ հանդերձ)։ Կ.Մելիք-Օհանջանյանի հետ կազմել ու հրատարակության է պատրաստել «Սասնա ծռեր» ժողովրդական վեպի տարբերակները (հ.1, 1936թ., հ.2, մաս 1-2, 1944-51թթ)։ Մեծ արժեք ունեն նրա լեզվաբանական-քերականական աշխատությունները։ Եղել է երիտքերականների հետևորդը հայ իրականության մեջ։ Լեզվի բնորոշման, փոփոխության, զարգացման և քերականության տեսական հարցերում հիմնականում առաջնորդվել է այդ դպրոցի մշակած սկզբունքներով։ Գերազանցապես զբաղվել է արևելահայ աշխարհաբարի ուսումնասիրությամբ, փաստորեն հիմնադրել նրա գիտական քերականությունը։ Նրա «Աշխարհաբարի քերականության» (1906թ.) մեջ հանգամանորեն լուսաբանել է բառակազմության, խոնարհման, հոլովման և այլ հարցեր։ «Աշխարհաբարի շարահյուսության» (1912թ.) մեջ քննել է արևելահայ աշխարհաբարի շարահյուսական համակարգը, բացահայտել բառերի պաշտոններն ու կապակցության տեսակները, հոլովների և կապերի նշանակություններն ու կիրառությունները, նախադասության անդամների համաձայնության, շարադասության օրենքները, բայի եղանակների, ժամանակների կառուցվածքային առանձնահատկությունները, պարզ և բարդ նախադասությունների («խոսքերի») տեսակները և այլն։ «Հայոց լեզվի տեսություն» (1931թ.) մեծարժեք աշխատության մեջ ամբողջականացրել է արևելահայերենի ուսումնասիրությունը։ Նա առաջինն է գիտականորեն համակարգել ժամանակակից հայերենի հնչյունաբանությունը, պարզել հնչյունափոխության երևույթները, համակողմանիորեն հետազոտել բառագիտությունն ու բառակազմությունը, քննել բարդության տեսակները, ածանցները, բացատրել դրանց ծագումն ու նշանակությունը։ Ստեղծել է բայի կերպերի (կատարվող, կատարված, կատարելի, պարզ կամ անկերպ) տեսությունը, պարզել բայի խոնարհման համակարգի Էությունը, որոշել բայի եղանակային ձևերի սահմանները՝ իրենց համապատասխան ժամանակներով։ Լեզվաբանական-քերականական հարցերի պատմականության խոր ըմբռնումով նշել է գրաբարի, միջին հայերենի և աշխարհաբարի օրգանական կապը, պարզաբանել քերականական իրողությունների առաջացման ուղիներն ու ձևափոխությունները։ Ուսումնասիրել ու իր աշխատություններում ընդգրկել է լեզվական հարուստ նյութեր, դրանց հիման վրա ավելի խոր ու հանգամանորեն ներկայացրել հայերենի գիտական քերականությունը։ Նրա բառարանագիտական աշխատանքները ևս նպաստել են հայագիտության զարգացմանը։ 1925թ. կազմել է առաջին «Ռուս-հայերեն ռազմական բառարան»-ը: 1919թ. մասնակցել է «Ռուս-հայերեն իրավաբանական բառարան»-ի, ապա՝ «Լատին-ռուս-հայերեն բժշկական բառարան»-ի (հրտ.՝ 1951թ.) ստեղծմանը։ Մշակել է հայ իրավաքաղաքական և հատկապես ռազմագիտական տերմինաբանությունը։ Զբաղվել է նաև ուղղագրության հարցերով։ Գրականագետի անվան հետ է կապված 1922թ. մարտի 4-ի դեկրետով Հայաստանում կատարված ուղղագրության բարեփոխությունը, որը արևելահայ արդի ուղղագրության հիմքն Է։ 1943թ-ից եղել է ՀՀ գիտությունների ակադեմիայի ակադեմիկոս: 1935թ. արժանացել է Հայաստանի գիտության վաստակավոր գործչի կոչման: Մահացել է Երևանում: Աբեղյանի անվամբ է կոչվում ՀՀ ԳԱԱ գրականության ինստիտուտը (1944թ-ից)։